Zbirka obuhvaća radove različitog tematskog, stilskog i vrijednosnog spektra koji su nastajali od 17. stoljeća do danas. Sastoji se od portreta osoba iz društvenog, političkog i kulturnog života Splita i Dalmacije, različitih sakralnih prikaza, plastike koja je ukrašavala interijere i eksterijere splitskih palača, kao i od djela raznovrsne tematike čiji su tvorci umjetnici koji su životom, radom ili porijeklom vezani uz grad Split.
Osnovu Zbirke Emanuel Vidović čine Vidovićeve slike i crteži koje je grad Split 1986. godine otkupio od Vidovićevih nasljednika s ciljem osnivanja Galerije Emanuel Vidović u sklopu Muzeja.
Zbirka slika je utemeljena 1948. godine kada su umjetnine sakupljane za fundus Muzeja grada Splita prebačene iz Gradske biblioteke u Splitu. Nakon toga, Zbirka je popunjavana uglavnom darovima građana i umjetnika koji su izlagali u Muzeju, a manji dio slika je otkupljen.
Zbirka crteža utemeljena je odlukom Stručnog muzejskog vijeća 2011. godine, a u njoj su okupljeni crteži koji su se ranije vodili kao dio Zbirke slika ili Zbirke grafika. Sastoji se od 511 predmeta koji datiraju od 17. do 21. stoljeća i imaju veliku dokumentarnu vrijednost jer zorno predočavaju promjene u izgledu Splita i okolice kroz stoljeća te pružaju informacije o osobama i događajima iz prošlosti Dalmacije.